３－１１．巢箱清理
當巢箱開始使用並發揮其用途時，特別是當幼鳥破殼而出時，巢箱內的清潔就會變得非常重要．雖然親鳥並不會在巢箱內製造污物，但其本身並沒有太大的清理巢內環境的能力，所以維護巢箱的清潔可說是飼主不可避免的責任．巢箱從親鳥下蛋，孵蛋，到養育幼鳥至其能完全離巢這段期間，其產生的排泄物是多麼的可觀．若飼主不適時地清理巢箱，那麼讓尚無抵抗病菌能力的幼鳥生長在這樣的環境中會是多麼可怕的一件事．
維持巢箱清潔的重要性主要有杜絕病菌的滋生和寄生蟲的產生，幼鳥和親鳥的潔淨和健康，惡臭的產生和螞蟻蟑螂等害蟲的侵害．若飼主放任讓其巢箱不斷骯髒惡化，嚴重者，甚致可導致籠內全體玄鳳的死亡．
然而，清理巢箱並不是一件容易的事．在清理前尚有些須有飼主注意的事項．如：
親鳥為非飼主手養者：非飼主所手養而對人有警戒心之親鳥會對任何人員的侵入感到驚恐而有可能選擇棄孵或棄養幼鳥．飼主不得不特別注意此點．平常時，飼主應避免接觸．若飼主欲清理巢箱時，可等待親鳥皆離開巢箱覓食時．清理時，可暫時以木板等物封住洞口以防止親鳥回巢．
清理時機：只有當幼鳥破殼而出並接受親鳥哺育後，巢箱才會開始髒亂．為維持巢箱內的清潔，親鳥通常是不會在巢箱內排泄．所以在下蛋或孵蛋期間，飼主尚不須清理巢箱．而隨著幼鳥們的破殼，巢箱內的髒亂程度亦會增加．
清理要點：清理巢箱時，主要應該除去巢箱內的排泄物，受污之內襯物和刮除巢箱壁上的污物．必要時，亦須清除掉黏著於幼鳥身上之排泄物．清理後，可視情況決定是否再添加內襯物（墊料）．
注意事項：清理時，若將幼鳥移出巢箱時，則應注意幼鳥的保暖程度，清理時間應儘量縮短．應避免將整個巢箱內之內襯物更換，巢箱內的氣味若改變過大，會有讓親鳥棄養的可能發生．絕對不可使用消毒劑或清淨氣味劑等物．更換或添加新墊料時應將之壓實並壓出一凹處．放入幼鳥時將之安置於該凹處．
幼鳥成長脫離巢箱後，則應將巢箱拆除並進行清理和殺菌動作．除去所有內襯物和刮除巢箱壁上之污物，並可澆以熱水殺菌後曝曬於陽光下．晾乾後便有收起等待下次使用時機．